Twijfel heeft bij Descartes zowel een positieve als een negatieve functie.

1. Negatief: zuivering van het verstand door het 'verwerpen' of 'uitroeien' van alle oude meningen en vooroordelen.
2. Positief: het vinden van zekerheid, in het vinden van een vast fundament voor kennis en wetenschap. Dit fundament moet natuurlijk gevonden worden in de eerste filosofie (metafysica).

Alledaagse twijfel is spontaan, cartesiaanse twijfel is opzettelijk en doelbewust (= methodische twijfel/experimentele twijfel).