Tussen bezwaar en administratief beroep aan de ene kant en bestuursrechtspraak (dus beroep bij bestuursrechter) aan de andere kant bestaat dan ook een aantal belangrijke verschillen.

1. De beslissing op bezwaar en administratief beroep wordt genomen door een bestuursorgaan (behorend tot uitvoerende macht). Het bestuursorgaan moet -indien en voorzover gewenst-  ter zake politieke verantwoording afleggen aan het vertegenwoordigende lichaam (b&w kunnen bijv. door gemeenteraad ter verantwoording worden geroepen). Ook kan zo zijn dat het vertegenwoordigende lichaam zelf de beslissing neemt (bijv. gemeenteraad of prov. staten, welke lichamen tevens bestuursorgaan in zin Awb zijn). Bestuursrechtspraak vindt daarentegen plaats door onafhankelijke rechter. Brengt belangrijk verschil in toetsing met zich. Bestuursrechter toetst alleen de rechtmatigheid van besluit (of andere handeling). Bestuursrechter toetst dus of bestreden besluit rechtens correct tot stand is gekomen en naar inhoud rechtens niet onjuist is. Rechtmatigheidstoetsing houdt in een toetsing aan geschreven recht (div. algemeen verbindende voorschriften) en ongeschreven recht (ongeschreven rechtsregels, algemene rechtsbeginselen, ihb abbb). Heroverwegende bestuursorgaan heeft in beginsel ruimere beoordelingsmarge. Kan, indien wet daartoe ruimte biedt, niet alleen rechtmatigheid toetsen, maar ook zijn politiek-bestuurlijke oordeel (doelmatigheids-, beleidsaspecten) laten meewegen.

2. In regel neemt heroverwegende bestuursorgaan nw besluit. De bestuursrechter neemt in beginsel geen nw besluit. Indien hij beroep gegrond verklaart, vernietigt hij besluit geheel of gedeeltelijk (art. 8:72 lid 1 Awb). Vervolgens is dan bevoegde bestuursorgaan in regel aan zet om nw (heroverwegins)besluit te nemen waarbij de uitspraak van de bestuursrechter in acht wordt genomen. Slechts in bep. gevallen kan de rechter zelf in de zaak voorzien. Dan neemt hij ipv het bestuursorgaan het nwe besluit. Hierdoor kan tijdwinst worden geboekt. Het zelf in zaak voorzien (art. 8:72 lid 4 Awb) is echter gebonden aan strikte voorwaarden, omdat bestuursrechter niet ipv bestuur mag gaan besturen (trias politica).

3. Bestuursrechter beoordeelt besluit in regel ex tunc, dwz naar het moment waarop de bestreden beslissing is genomen. Latere wijzigingen in de feitelijke omstandigheden of in het recht neemt bestuursrechter -tenzij uit bijz. wet anders voortvloeit- in regel niet mee in zijn beoordeling. In bestuurlijke voorprocedure geldt als uitgangspunt - zijn uitzonderingen- dat heroverweging ex nunc plaatsvindt. Dit betekent dat omstandigheden (nw recht, nw beleid en nwe feiten) die zich na het nemen van het primaire besluit (dwz besluit waartegen bezwaar of administratief beroep is ingesteld) hebben voorgedaan, toch van betekenis kunnen zijn bij de heroverweging. Volledige ex nunc-toetsing is in bestuurlijke voorprocedure niet mogelijk indien besluit ziet op bep. tijdvlak, bijv. belastingaanslag of in sfeer sociale zekerheid.