NPM-ervaringen introduceren tevens nieuwe paradoxen en dilemma's voor managers bij de overheid. Zonder uitputtend te willen zijn, zouden we graag de volgende dilemma's willen noemen:

o Het stimuleren van ondernemerschap in onderdelen van de rijksdienst door ze meer autonomie te gunnen vermindert tegelijkertijd mogelijkheden tot democratische controle.
o Verzakelijking van verhoudingen in de overheid door het gebruik van contractuele afspraken leidt vaak tot grotere afstand en derhalve tot grotere belangentegenstellingen tussen de centrale overheid enerzijds en uitvoeringsorganisaties en lagere overheden anderzijds.
o Als bij de uitvoering van overheidsbeleid verschillende instanties zijn betrokken die alle contractuele relaties met de centrale overheid hebben, leidt dit vaak tot fragmentatie van beleidsuitvoering over onafhankelijke eenheden. Tegelijkertijd echter zijn deze instanties bij hun taakuitvoering in functionele zin afhankelijk van het functioneren van andere instanties binnen hetzelfde beleidsveld.
o Ambtenaren en politici in een NPM-omgeving ontvangen meer en complexere informatie over allerlei aspecten van het presteren van de overheid. Het is echter allerminst duidelijk of deze ontvangers van informatie wel goed met deze complexiteit kunnen omgaan.
o Meer en betere informatie vergroot de mogelijkheden voor het afleggen van verantwoording. In toenemende mate komt dan de vraag op tafel: aan wie? Schoolbesturen bijvoorbeeld kunnen verantwoording afleggen aan de minister, aan volksvertegenwoordigers, aan belangengroepen en aan ouders. Wat moet men doen als verschillende groepen tot tegenstrijdige conclusies komen?
o NPM-hervormingen gebruiken veelal uit het bedrijfsleven afkomstige accountingmethoden voor het meten van resultaten. Accountinginformatie beperkt zich veelal tot goed- meetbare, kwantitatieve resultaten. Echter, belangrijke aspecten van overheidshandelen, zoals de kwaliteit van wetgeving en uitvoering, worden daarmee minder zichtbaar.