Nog een manier om de gen expressie patronen te erfen is de modificatie van histonen. Zodra een cel zijn DNA repliceert krijgt elke dochter dubbele helix de helft van zijn ouders' histon eiwitten welke covalente modificaties van de ouder chromosoom bevat. Enzymen die verantwoordelijk zijn voor deze modificaties kunnen binden aan de ouderlijke histonen en de zelfde modificaties aan den nieuwe histonen in de buurt geven. De cycli van modificatie herstelt het patroon van chromatine structuur dat gevonden is in de ouder chromosoom.