Exavata: Protisten met gemodificeerde mitochondriën en unieke flagellen.En hebben een "excavated" grove in hun cel.
Chromoveolata: Ontstonden uit secondaire endosybioose.Belangenrijke groepen: diatomeën, apicomplexa (malaria) Rhizaria: Hebben pseudopoda. Archaeplastida: Ontstonden uit een endosybiose van een hetrotroofe protist en een cyano bacterieBelangenrijke groepen: Rood algen en groen algen. Unikonta: Controversiële groep waar veel onderzoek naar gedaan wordt of de indeling klopt.Belangenrijke groepen: Chuanoflagellata (directe voorouder van de sponzen, en dus voorouder van de animalia)