Een verstorende werking komt voor bij orale toediening van antimicrobiële middelen. Deze middelen doden dan niet alleen de pathogene bacteriën in de darm maar ook de commensalen flora, die zorgt voor de zgn. kolonisatieresistentie.
Andere plaatsen met een functionele commensale flora zijn:
de mond/keelholte
de huid
de vagina
Als gevolg v/h verstoren vd commensale flora kan het op al die plaatsen in het lichaam komen tot overwoekering van schimmels en gisten, dus een infectie erbij.