Tot de toxische (= giftige) bijwerkingen worden gerekend de zeer verschillende beschadigingen die in het lichaam kunnen opstaan, bijvoorbeeld:
de antimicrobiële middelen => doofheid, duizeligheid en oorsuizingen door streptomycine, kanamycine en gentamycine welke schadelijk zijn voor gehoorzenuw (ototoxisch)
tetracycline => kunnen lever- (hepatotoxisch) en nierbeschadigingen (nefrotoxisch) veroorzaken. Eveneens kunnen tetracycline de randontwikkeling ongunstig beïnvloeden en geelverkleuring veroorzaken bij de ongeboren vrucht.