effectiviteit van chromatine fragmentatie (specificiteit antilichaam binding)
kwaliteit en keuze van antilichaam
epitoop moet wel toegankelijk zijn, dit varieert
differentiële vorming van eiwit-DNA crosslinks
differentiële nucleosoom bezetting: hoe compacter, hoe dichter bij elkaar, hoe meer nucleosomen je ook meepakt (aantal nucleosomen moet je dus ook meenemen..., vergelijken compact en open...)
beschikbaarheid van goede positieve en negatieve controlen (voornamelijk met qPCR moeilijk: altijd op basis van vergelijkingen)